Narozen 30. 4. 1938 v Kojšově v okrese Spišská Nová Ves. Když mu bylo šest let, přestěhovala se rodina do Košic, za další dva roky mu na tuberkulózu zemřela matka. Otec, původním povoláním horník, vedl později potravinářské družstvo a hostinec, po válce se stal spolumajitelem likérky, která pak byla v roce 1948 vyvlastněna.

Výtvarné nadání ho přivedlo na bratislavskou Školu umeleckého priemyslu (1953-1957), kde z oddělení grafiky přešel přes aranžérství k fotografii. Jeho spolužákem byl Elo Havetta, s nímž tu také natočil svůj první, 16mm film Šupka a šupáci (1956-1957).

V letech 1957-1959 vykonával základní vojenskou službu, bez úspěchu se nejprve hlásil ke studiu kamery na FAMU, posléze byl přijat na režii. Absolvoval ji v letech 1959-1966 u Václava Wassermana, nakonec přidal i kameru. Patřil k nejagilnějším studentům: spolu s Jaromilem Jirešem je autorem námětu a scénáře jeho krátkého dokumentu Sál ztracených kroků (1960, též spolupráce na natáčení), asistoval Věře Chytilové na jejím středometrážním hraném filmu Strop (1961), hrál v Turistovi (1961) Evalda Schorma. Sám na škole natočil krátké filmy Čistič okien (1960), Poslední nálet (1960), Každý deň má svoje meno (1961), Strieborný vietor (1961), I. třída (1963, s Radimem Cvrčkem), Mlčení (1963) a středometrážní absolventský snímek Čekají na Godota (1966). S Elem Havettou režíroval Mikulaschski týdeník (1961-1963) a podílel se na Občasníku II. „To chce klid“ (1962).

V Krátkém filmu natočil ještě za studií středometrážní hraný film Déšť (1965), od roku 1963 točil pro Čs. televizi Košice zpravodajské šoty, krátké a středometrážní hrané filmy a dokumenty: Tri rozprávky (1963), Vrtuľka (1963), Chlapcovo dlhé čakanie (1964), Korytári (1966), Vysťahovalec (1966). V letech 1965-1966 spolupracoval scenáristicky a režijně s Laternou magikou, pak točil reklamní filmy pro EXPO '67 v Montrealu. Od dlouhometrážního hraného debutu Kristove roky (1967) se stal režisérem Štúdia hraných filmov v Bratislavě, u některých filmů stál i za kamerou (K).

Svůj čtvrtý film Dovidenia v pekle, priatelia nesměl už v roce 1970 dokončit, od verze italského koproducenta se v roce 1972 distancoval a snímek dostal konečnou podobu až v roce 1990. V roce 1971 byl přeřazen do Krátkého filmu Bratislava a točil převážně krátké a středometrážní dokumentární a zakázkové filmy: Stavba storočia (1972), Ondrej Nepela (1973), Výstavba tranzitného plynovodu ZSSR, NDR, Západná Európa (1973), Omnia (1975), Filmy v Mesiaci SČSP (1976), Tri vrecia cementu a živý kohút (1976), Bubeník Červeného kríža (1977), ZKL (1977), Dožinky ´77 (1978), Československo – tradičný obchodný partner ZSSR (1981). Obdobně zaměřené snímky točil zprvu i pro Čs. televizi Bratislava: Ozvena (1974, pod pseudonymem Juraj Vaš), Slovensko – krajina pod Tatrami (1975), Ďaleko v lese spieva vták (1976), Maľované na dreve (1979).

Od návratu k hranému filmu (Postav dom, zasaď strom, 1979) pokračoval v hrané tvorbě i na televizní půdě (Eva, Eva,1980; Srdečný pozdrav, 1989; Takmer ružový príbeh, 1990), mj. televizními verzemi svých celovečerních snímků: Nevera po slovensky 1-3 (1980), Tisícročná včela 1-4 (1983), Teta 1-7 (1987, z tohoto seriálu vznikl naopak sestřihem film Pehavý Max a strašidlá, 1987), Nejasná zpráva o konci sveta 1-6 (1999, též čtyřdílná verze). U filmu Sagarmatha (Ján Piroh, 1988) působil jako supervizor.

Po rozdělení společného státu žije od roku 1993 v České republice. Se svou druhou manželkou, herečkou Deanou Horváthovou-Jakubiskovou (* 11. 3. 1958), založil produkční společnost Jakubisko Film, která kromě jeho vlastních filmů produkovala např. Kytici (2000) Jaroslava Brabce. Točil mj. reklamní snímky, krátké portréty pro cyklus GEN společnosti FEBIO i středometrážní dokumenty (Nad Prahou sa blýska, 1999; Otevřené oči Ivana Havla, 1999; Farebné kamienky, 2002), pro Laternu magiku napsal a režíroval představení Casanova (1995).

Věnuje se též výtvarnému umění, režijně se uplatnil i na divadle (např. Krútňava, Slovenské národní divadlo Bratislava, 1999). Od roku 2001 je docentem FAMU.

Filmografie

Kristove roky – 1967, námět J. J., scénář s Luborem Dohnalem

Zbehovia a pútnici – 1968, povídka Zbehovia podle povídky Ladislava Ťažkého Vojenský zbeh, scénář J. J. s Ladislavem Ťažkým; povídka Dominika podle kapitoly z románu Ladislava Ťažkého Pivnica plná vlkov, scénář J. J. s Ladislavem Ťažkým; povídka Pútnici námět a scénář J. J. s Karolem Sidonem, též K, ČSSR / Itálie

Vtáčkovia, siroty a blázni – 1969, námět a scénář J. J. s Karolem Sidonem, ČSSR / Francie

Dovidenia v pekle, priatelia – 1970, dokončen a uveden 1990, námět a scénář J. J. s s Karolem Sidonem, též K, ČSSR / Itálie

Postav dom, zasaď strom – 1979, námět Mikuláš Kováč, scénář Mikuláš Kováč a Lýdia Ragačová, v titulcích neuveden Lubor Dohnal

Nevera po slovensky – 1981, námět a scénář Peter Kováčik

Tisícročná včela – 1983, podle stejnojmenného románu Petera Jaroše, scénář J. J. s Peterem Jarošem, dialogy Jozef Paštéka, ČSSR / SRN

Perinbaba – 1985, námět J. J. a Ľubomír Feldek na motivy pohádky Jacoba a Wilhelma Grimma Paní Zima, scénář J. J. a Ľubomír Feldek, ČSSR / SRN / Rakousko

Pehavý Max a strašidlá – 1987, podle románu Alana Runeho Pettersona Frankensteinova teta, scénář Jaroslav Dietl, Joachim Hammann, J. J., Jozef Paštéka, též 2. K s Jánem Pirohem, ČSSR / SRN

Sedím na konári a je mi dobre – 1989, námět J. J., scénář s Jozefem Paštékou, ČSSR / SRN

Lepšie byť bohatý a zdravý ako chudobný a chorý – 1992, námět a scénář J. J., ČSFR, v roce 2002 sestřihl J. J. novou režisérskou verzi

Nejasná zpráva o konci světa – 1997, námět a scénář J. J., též texty písní, ČR

Post coitum – 2004, námět Marcel Bystroň,. scénář J. J. s Marcelem Bystroněm, též výtvarná koncepce a střih s Aloisem Fišárkem, ČR

Bathory – 2008, scénář J. J., spolupráce John Paul Chapple, Pavel Krumpár, Stephen Jeffreys, Barbora Červenková, Jiří Reichel, Šimon Pellar, Martin Daniel, Ľubomír Feldek, Martin Špott, též výprava, obrazy a střih s Chrisem Blundenem a Patrikem Paššem, SR / ČR / Velká Británie / Maďarsko